O curso de Farmácia, participante ativo de movimentos de avaliação do ensino farmacêutico e em consonância à Missão Institucional da ULBRA, desde o início objetivou a construção de um projeto pedagógico inovador e dinâmico, pautado em uma matriz curricular que possibilite a formação acadêmica integrada e articulada ao compromisso social dos egressos no exercício de atividades de prevenção, promoção e atenção à saúde, tanto em nível individual quanto coletivo, no setor público ou privado, permitindo o resgate da cidadania e de relações solidárias na sociedade.
Para atender às Diretrizes Curriculares Nacionais do Curso de Graduação em Farmácia (Resolução n° CNE/CES 2, de 19 de fevereiro de 2002), a matriz curricular do curso de Farmácia foi reestruturada, aprovada pela Resolução de CONSUN n° 128 em 26/11/2003 e implantada a partir de março de 2004, após inúmeras discussões envolvendo direção, conselho de curso, docentes e representantes dos discentes no período entre 2001 e 2003.
Em 2006, a Universidade, buscando atender os princípios das DCNs, promoveu uma reformulação da organização curricular dos cursos da Área da Saúde e Bem-Estar Social em componentes curriculares que compõem o Ciclo de Formação Geral, Ciclo Básico-Profissional e Ciclo Profissional. Neste cenário, em 2006 foi aprovada uma nova matriz curricular para o curso de Farmácia, com uma carga horária de 4.927 horas e nove semestres para a integralização (Res-C de 28 de junho de 2006).
Considerando a dinâmica da formação profissional em atendimento a demanda das necessidades geradas pelo mercado de trabalho, inovação tecnológica e relações humanistas no exercício da profissão farmacêutica, em meados do segundo semestre de 2008 realizou-se um diagnóstico para se identificar ora as condições de ensino oferecidas aos acadêmicos em especial, as relativas ao perfil do corpo docente, as instalações físicas e a organização pedagógica.
Tal diagnóstico norteou uma nova discussão de proposta de adequação da matriz curricular e atividades pedagógicas que culminou em nova estruturação do projeto pedagógico e matriz curricular. Apartir de março de 2012 inicia uma nova matriz curricular com 10 semestres e 51 disciplinas e carga horária de 4.582 horas.